Manželka českého premiéra je aktivní hlavou největší nadace v Česku. Nadace Agrofert ročně rozdá na nejrůznější projekty přes 100 milionů korun, od roku 2012 se tato částka blíží už půlmiliardě korun. Mezi aktivity, jimž se Monika Babišová věnuje nejintenzivněji, patří soustavná podpora matek samoživitelek a rodin s malými dětmi v těžké sociální situaci. Zároveň je v radě protektorů dvou svěřenských fondů, které vlastní holding Agrofert.